ディレクトリをコピーするときの挙動

rsync は source の後ろにスラッシュを付けるかどうかで挙動が変わる。
すなわち rsync -a source dest と rsync -a source/ dest は違う。

前者だと source を dest にコピーしてくるという意味になるので dest/source ディレクトリができる
後者だと source の中身を dest にコピーしてくるという意味になるので dest ディレクトリの中身と source ディレクトリの中身を一致させるように上書きする

特定のファイルタイプだけ処理したいとき

例えば jpeg だけコピーしたいなら、オプションとして --include='*/' --include='*.jpg' --exclude='*' のようにする。

rsync の処理フィルタについて、

フィルタオプションは先につけたものが優先される。オプションを最初から順に見ていき、include オプションに先にマッチすると、そのディレクトリ・ファイルは処理が確定する。
rsync は処理するかの判定をディレクトリ構造を下りながら逐一行い、ディレクトリが exclude された時点でそのディレクトリ内のファイルはすべて処理しない。

というルールがあるためである。
なので上のように書くことで

となり、所望の動作が達成できる。
例えば、 example/dir/ というディレクトリの下に画像ファイルがある場合、

のようになる。
なお、対象のファイルがないディレクトリについてもルール 1 によりすべてコピーするため、空のディレクトリがたくさんコピーされてしまうがご愛敬。

シェルのブレース展開機能を使うと、--exclude={'*.jpg','*.png'} のようなオプションを付けることで複数のファイルタイプを一括で排除できる。

オプションとして -ahH --info=progress2 としておけばよい。

--no-inc-recursive とすると、転送前に一度すべてのファイルのスキャンを行い、総転送量を把握したうえで全体の進捗を正確に表示する。