ディレクトリをコピーするときの挙動

rsync は source の後ろにスラッシュを付けるかどうかで挙動が変わる。
すなわち rsync -a source dest と rsync -a source/ dest は違う。

前者だと source を dest にコピーしてくるという意味になるので dest/source ディレクトリができる
後者だと source の中身を dest にコピーしてくるという意味になるので dest ディレクトリの中身と source ディレクトリの中身を一致させるように上書きする

特定のファイルタイプだけ処理したいとき

例えば jpeg だけコピーしたいなら、オプションとして --include='*/' --include='*.jpg' --exclude='*' のようにする。

rsync の処理フィルタについて、

フィルタオプションは先につけたものが優先される。
rsync は処理するかの判定をディレクトリ構造を下りながら逐一行い、ディレクトリが exclude された時点でそのディレクトリ内のファイルはすべて処理しない。

というルールがあるためである。
なので上のように書くことで

となり、所望の動作が達成できる。
例えば、 example/dir/file.jpg というファイルの場合、

のようになる。
なお、対象のファイルがないディレクトリについてもルール 1 によりすべてコピーするため、空のディレクトリがたくさんコピーされてしまうがご愛敬。

使用できる正規表現など、フィルタの使用についてより詳しく知るには rsync の複雑怪奇な exclude と include の適用手順を理解しよう - てっく煮ブログを読む。

シェルのブレース展開機能を使うと、--exclude={'*.jpg','*.png'} のようにすることで複数のファイルタイプを一括で排除できる。

オプションとして -ahH --info=progress2 としておけばよい。

--no-inc-recursive とすると、転送前に一度すべてのファイルのスキャンを行い、総転送量を把握したうえで全体の進捗を正確に表示する。